HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU, 1944 YILINDA SAMSUN HAVZA’DA DOĞMUŞTUR. 1959 YILINDA BAŞLADIĞI ASKERÎ HAVA LİSESİ ÖĞRENİMİNİ TAKİBEN, 1962 YILINDA HAVA HARP OKULUNA GİRMİŞ VE 1964 YILINDA ASTEĞMEN OLARAK MEZUN OLMUŞTUR.
AYNI YIL, İZMİR UÇUŞ EĞİTİM GRUP KOMUTANLIĞINDA BAŞLADIĞI UÇUŞ EĞİTİMİNİ, 1966 YILINDA 2’NCİ ANA JET ÜS KOMUTANLIĞINDA TAMAMLAMIŞ VE İLK GÖREV YERİ OLAN 5’İNCİ ANA JET ÜS KOMUTANLIĞINA AV PİLOTU OLARAK ATANMIŞTIR. KASIM 1970’DE ATANDIĞI 9’UNCU ANA JET ÜS 191’İNCİ FİLO KOMUTANLIĞINDA 1974 YILINA KADAR GÖREV YAPMIŞ VE BU TARİHTE HAVA HARP AKADEMİSİNİ KAZANMIŞTIR. HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU, HAVA HARP AKADEMİSİNDEN 1976 YILINDA KURMAY SUBAY OLARAK MEZUN OLMUŞTUR.
HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU, 1976-1981 YILLARI ARASINDA GÖREV YAPTIĞI 4’ÜNCÜ ANA JET ÜS KOMUTANLIĞINDA SIRASIYLA; KOL UÇUCULUĞU, EĞİTİM SUBAYLIĞI, ÜS HAREKÂT KISIM AMİRLİĞİ, FİLO HAREKAT SUBAYLIĞI VE FİLO KOMUTANLIĞI GÖREVLERİNDE BULUNMUŞTUR. KITA GÖREVİNİ TAKİBEN 1981-1985 YILLARI ARASINDA HAVA HARP AKADEMİSİ ÖĞRETİM ÜYELİĞİ YAPAN VE AYNI DÖNEM İÇERİSİNDE ABD HAVA HARP KOLEJİNİ BAŞARI İLE BİTİREN HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU, 1985-1988 YILLARI ARASINDA NAPOLİ’DE KONUŞLU NATO AIRSOUTH KARARGÂHINDA YURT DIŞI GÖREVİNDE BULUNMUŞTUR. YURT DIŞI GÖREVİNİ TAKİBEN, ATANDIĞI GENELKURMAY HAREKÂT BAŞKANLIĞI BÜNYESİNDE ŞUBE MÜDÜRLÜĞÜ GÖREVİNDE BULUNDUKTAN SONRA ATANDIĞI 4’ÜNCÜ ANA JET ÜS KOMUTANLIĞINDA HAREKÂT KOMUTANLIĞI VE KONTROL HEYET BAŞKANLIĞI YAPMIŞTIR.
1991 YILINDA TUĞGENERALLİĞE TERFİ EDEN HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU, BU RÜTBEDE 6’NCI ANA JET ÜS KOMUTANLIĞI VE HAVA KUVVETLERİ PLAN PROGRAM DAİRE BAŞKANLIĞI GÖREVLERİNDE BULUNMUŞTUR. 30 AĞUSTOS 1995 TARİHİNDE TERFİ ETTİĞİ TÜMGENERALLİK RÜTBESİNDE HAVA KUVVETLERİ PERSONEL BAŞKANLIĞI VE HAVA HARP OKULU KOMUTANLIĞI GÖREVLERİNİ YÜRÜTMÜŞTÜR. 1999 YILINDA KORGENERALLİĞE TERFİ EDEN HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU SIRASIYLA, HAVA KUVVETLERİ KURMAY BAŞKANLIĞI, 2’NCİ TAKTİK HAVA KUVVETİ KOMUTANLIĞI VE GENELKURMAY GENEL PLAN VE PRENSİPLER BAŞKANLIĞI GÖREVLERİNDE BULUNMUŞTUR. HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU, 30 AĞUSTOS 2005 TARİHİNDE ORGENERALLİĞE TERFİ ETMİŞ, 2005-2007 YILLARI ARASINDA HARP AKADEMİLERİ KOMUTANI OLARAK GÖREV YAPMIŞTIR. HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU, 2007 YILI GENERAL/AMİRAL ATAMALARI İLE HAVA KUVVETLERİ KOMUTANLIĞI GÖREVİNE ATANMIŞTIR. 30 AĞUSTOS 2009 TARİHİNDE EMEKLİYE AYRILMIŞTIR.
HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU; AYŞE DİLEK BABAOĞLU HANIMEFENDİ İLE EVLİ OLUP İKİ ÇOCUK BABASIDIR. İNGİLİZCE BİLMEKTEDİR.
HAVA ORGENERAL AYDOĞAN BABAOĞLU; TSK ÜSTÜN HİZMET MADALYASI, TSK ŞEREF MADALYASI VE ABD LİYAKAT MADALYASINA SAHİPTİR.